Sigismund lên ngôi trong hoàn cảnh Thụy Điển đang bị chia rẽ bởi vấn đề tôn giáo. Chịu ảnh hưởng khá lớn bởi các đại thần mà phần nhiều là có quan hệ với Đế quốc La Mã Thần thánh theo Công giáo, Quốc vương Sigismund từ bỏ một số đặc quyền của hoàng gia với nghị viện (Sejm) với hy vọng giành được sự nhượng bộ với các kẻ thù của Ba Lan và giải quyết tranh chấp ở cuộc bầu cử Quốc vương Ba Lan. Lợi dụng sự do dự của Sigismund, Công tước Áo là Maximillan III quyết định khởi động một cuộc chiến tranh nhằm cướp ngôi vua của Liên minh Ba Lan-Lithuania nhưng bị đánh bại[2] và bị bắt giam. Nhờ sự can thiệp của Giáo hoàng Xíttô V mà Maximillan được thả ra. Vua Sigismund cũng cố gắng duy trì hòa bình với người hàng xóm quyền lực của mình bằng cách kết hôn với Nữ hoàng Anne Habsburg năm 1592 để duy trì liên minh với Công giáo Áo chống lại các lực lượng Tin Lành.

Sau khi cha ông là Johan III của Thụy Điển qua đời năm 1592, Sigismund đã yêu cầu Sejm thừa nhận quyền thừa kế của ông như là Vua Thụy Điển. Người Ba Lan không phản đối gì. Để "mị dân", ông ta cũng tuyên bố thừa nhận Tin lành là quốc giáo của Thụy Điển và cũng được nhân dân Thụy Điển đồng ý nốt. Năm 1594, Sigismund đăng quang ngôi vua Thụy Điển[3]. Mặc dù là vua của hai nước, nhưng Sigismund chủ yếu sống ở Ba Lan và Thụy Điển thì ông giao cho chú là Karl quản lý. Càng về sau, hoạt động thân Công giáo của ông càng lộ liễu khi một số người lính Thụy Điển của Tin lành giáo chứng kiến một số người Công giáo Thụy Điển đã lập Liên minh Brest năm 1596, đưa người theo đạo Cơ đốc giáo Đông phương vào Ruthenia và dẫn tới Nhà thờ Công giáo Ukraine ngày nay[4]. Liên minh cũng bày tỏ tình hữu nghị của Sigismund với Công giáo Áo và sự ủng hộ của ông đối với Cải cách Công giáo, đặc biệt là các linh mục dòng Tên đang lan rộng ra để bác bỏ đạo Tin Lành và lấy lại nền tảng tinh thần bị mất cho Rôma.